Nanoworld Encyclopedia 2002 / 20020128 21.17 Тема: Работа над ошибками.

20020128 21.17 Тема: Работа над ошибками.

Начало см. Переписка с Л.Б. Меклером и П.Л. Червонобродовым
.
П: Здравствуйте Александр Юрьевич!
.
Сейчас я Вам покажу Ваши ошибки, которые повергли Л.Б.Меклера в шок.
Но все мы не застрахованы от ошибок. Главное - во время их исправлять.
.
1. Начну с фрагмент № 3
В предыдущем письме Вы подтвердили результат Л.Б.Меклера, что в нем нет
альфа-спиралей, что он представляет собой бета-структуру.
.
Повторяю из предыдущего письма итоговый результат Л.Б.Меклера по фрагменту №3.
-------------------------------------------------------------------------
.
б/ то, что получилось после перехода в бета-структуру
Y A V A P G Q I T T V G D G Y
I I I I I I I I I I I I
L C R A L Y R A H G H S G
.
Обращает на себя внимание тот знаменательный факт, что данная бета-структура
сформирована одиннадцатью рядом стоящими П-К связями без единого пропуска -
структурно-генетическое выражение удивительной прочности фиброина.
.
Из показанного видно, что ответ на вопрос - будет ли тот или иной фрагмент
биополипептида альфа-спиралью, совокупностью бета-изгибов или бета-структурой
достигается построением соответствующих моделей согласно П-К коду ОСГК, и
выбором из них той модели, которая содержит максимальное число П-К связей, а
при равенстве числа связей выбором энергетически более устойчивой модели, а
при равной устойчивости - большим числом энергетически более сильных П-К связей.
---------------------------------------------------------------------------
Однако, Вы сопоставляете ответ Л.Б.Меклера о том, что фрагмент №З - это бета-
структура (Фиброин), ответ, который Вы признали верным, т.е. в буквенном
обозначении - это "В", с утверждением, будто согласно РСА - это "А", т.е.
альфа - структура, что не может быть для фиброина.
.
Ответ Л.Б. Меклера Ваша ошибка в представлении результата РСА
N1 А
N2 C
N3 B fibroin
.
Меклер РСА Название белка
N1 А B fibroin
N2 С С human lysozyme
N3 B A S.tendae alpha-amylase inhibitor
.
Согласитесь, что в Вашем представлении результата РСА надо поменять местами
"B" и "A . Следовательно Вы ошиблись. Не так ли?
.
2/ Перехожу к фрагменту №2.
Окончательный ответ Л.Б. Меклера в предыдущем письме
.
91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106
A D A V A C A K R V V R D P Q G
I p I I I I p p / / p k
G D R N G C P N R W A V W A R I
122 120 118 116 114 112 110 108 107
.
Условные обозначения:
.
I / - А-А связь p - П-К связь k - ковалентная связь
.
Пояснения следующие:
Поскольку в составе данного фрагмента есть два АО цистеина, следует проверить
могут ли эти два цистеина образовать между собой С-С связь. Согласно теории
формирования, функционирования и эволюции биополимеров и ОСГК С-С связи между
цистеинами биополипептидов образуются только в том случае, если система А-А
связей между АО, прилежащими к остаткам цистеинов, ставит эти цистеины в
соответсвующую суперпозицию, по отношению друг к другу.
Ниже показано, что это условие выполняется в отношении остатков цистеинов -
компонентов данного фрагмента. Видим, что целый частокол А-А связей и П-К
связей приводит эти остатки цистеина в суперпозицию друг к другу, что в свою
очередь и приводит к образованию между ними С-С связей.
.
Из этого ответа Л.Б.Меклера видно, что есть А-А связи, но нет альфа-спиралей.
И этот ответ соответствует Вашему сообщению, что "Участок N2. По данным РСА
альфа-спиралей нет".
.
В противовес этому Вы ошибочно закрепляете за Л.Б.Меклером нижеследующий
ответ: "Участок белка N2 Перечень альфа-спиралей по Л.Б.Меклеру
91-95
93-97
96-99
102-106 Это был первый вариант, которыйй по критериям выбора был отвергнут.
103-107
108-112
110-114
115-118
116-119 "
.
Из изложенного видно, что Вы правильно отразили результат Л.Б.Меклера по
фрагменту № 2 в результирующей таблице, но ошибочно интерпретировали в тексте.
Не так ли?
.
3/ Перехожу к фрагменту №1
Воспроизвожу ранее посланные Вам результаты.
--------------------------------------------
Пептид ( участок) №1
а/ то, что я посылал
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
M L T V E I H D S Q V S V L E R S G V S Q K S G K
I______ I
эта скобка символизирует П-К связь между двумя АО - 2 и 5 (альфа 3/10)

Скобки 4-8 7-11 10-14 12-16 это пять П-К связей непрерывной альфа-спирали
Скобки 20-24 21-25 это два бета-поворота

б/ то, что получилось после перехода в бета-структуру
M L T V E I H D S Q V
I \ \ / I I S здесь образовалось шесть П-К связей
K G S K Q S V G S R E L V
---------------------------------------------
Даю дополнительные пояснения:
Так как число П-К связей в варианте а/ семь, а в варианте б/ шесть, то
окончательный результат состоит в том, что фрагмент №1 - это альфа -спираль,
то есть при проверке по спектру КД будет обнаружена альфа -спираль.
И, следовательно, ошибочно, как выше мной сказано, показывть, что согласно РСА
- это "В".(бета-структура).
.
Из сказанного видно, что ошибочны, приписываемые Л.Б.Меклеру утверждения,
(выделяю их красным цветом):
.
"Представитель китайской фирмы попросил меня, чтобы Л.Б. Меклер объяснил
расхождение данных по лизоциму. Химическая связь определена Л.Б. Меклером
правильно, но вторичная, а значит и третичная структура не соответствует
данным РСА. Значит ли это, что данные Л.Б. Меклера могут расходиться с данными
РСА, показывая практически непрерывную альфа-спираль на всем участке (20 АО), в
то время как по данным РСА на этом участке не встречается ни одной
альфа-спирали?
.
А я хотел бы услышать объяснение, почему участок альфа-амилазы, длиной 20 АО
Л.Б. интерпретировал, как фиброин, т.е. отсутствие альфа-спиралей, а
участок фиброина, в котором нет ни одной альфа-спирали (по данным самого Л.Б.)
он интерпретировал как непрерывную альфа-спираль?"
.
Итак, мы приступили к исправлению допущенных описок и ошибок. Надо выполнить
эту работу, а иначе мы вдрызг запутаем читателей моей с Вами переписки и вместо
пользы нанесем вред решению задачи, которую мы с Вами изначально поставили
перед собой.
.
Должен признаться, я начинаю испытывать чувство вины перед Л.Б.Меклером за то,
что упросил его отвечать мне на вопросы, возникающие по ходу моей с Вами
переписки. Я опасаюсь, что вместо показа его знания и умения правильно
предсказывать (на основе научной теории ) строение трехмерных молекул
биополипептидов, исходя из их исходных линейных аминокислотных
последовательностей, мы с Вами вызовем у читателей обратное впечатление.
.
Мой аргумент при обращении к Л.Б.Меклеру за консультацией и участием в том,
что Вы называете экзаменом, состоял в том, что если даже не профессионалы-
биологи увидят верность результатов Л.Б.Меклера, то тем более это увидят
профессионалы.
.
Л.Б.Меклер возражал, указывая на то, что моя с Вами переписка не отвечает
условиям, установленным для международного конкурса по построению трехмерных
структур белковых молекул.
.
В подтверждение он сказал, что любой профессионал знает, что не только по
аминокислотной последовательности целого белка, но даже по фрагменту порядка 10
АО, (втрое меньше присланных Вами) можно, обращась к соответствующему банку
получить не только полную аминокислотную последовательность данного белка,
содержащего данный фрагмент, но и его полную трехмерную структуру, если таковая
имеется в соответствующих банках.
.
Принципиально другое дело определить трехмерную структуру данного фрагмента как
такового, существующего вне данного белка той длины, которую Вы прислали. Этого
никто не может. Об этом свидетельствуют результаты международных конкурсов.
.
И Л.Б.Меклер добавил, что он демонстрировал мне умение строить такие структуры.
И готов обучить этому представителей любых фирм, если они обратятся к нему.
.
Если фирмы захотят выяснить правильность его предсказаний, то это делается
очень просто с затратами для фирмы абсолютно незначительными. Надо заказать
пептиды данного состава у фирм, синтезирующих пептиды (стоимость примерно 10-15
долл. за один АО 25+30+29=84, умножим с запасом на 20, итого 680 долл. И еще
порядка 300 долл. (с большим запасом) за определение спектров КД растворов этих
пептидов).
.
Я говорю Вам об этом, чтобы подчеркнуть возможность полезного продолжения
нашего контакта. Но это только при корректной подачи всего того, о чем шла речь.
.
С уважением.
Ваш Павел Червонобродов.
.
.
.
K:
.
Здравствуйте, уважаемый Павел Леонович и Лазать Борисович!
.
Ко мне сегодня снова приезжала делегация китайской фирмы. Переводчик спросил,
не приходило ли письмо от Л.Б.Меклера?
.
Я подключился к Internet и к нашей радости мы получили Ваше письмо.
.
Его читали одновременно переводчик и я.
.
Представитель китайской фирмы внимательно слушал переводчика и кивал головой.
Когда мы закончили чтение я сказал переводчику, что когда я последнее время
читаю письма от П.Л. и Л.Б., то у мне кажется, что у меня что-то не в порядке
с головой.
.
Переводчик перевел мою фразу китайцу. Тот улыбнулся и сказал одно непонятное
слово.
.
-А что он говорит, - спросил я переводчика?
.
Переводчик ответил:"У него тоже что-то с головой".
.
Я спросил переводчика: "А у Вас будут какие-нибудь вопросы к Л.Б. Меклеру?"
.
Он перевел фразу китайцу.
.
Китаец улыбнулся и на ломаном русском языке сказал:"Нет, спасибо большое".
Потом он что-то сказал переводчику. Переводчик перевел: "ЗоДе просит перейти к
обсуждению контракта, т.к. у нас не очень много времени."
.
22.30
Китайская делегация уехала и я могу ответить на Ваше письмо.
.
Вы пишите: "В предыдущем письме Вы подтвердили результат Л.Б.Меклера, что в нем
нет альфа-спиралей, что он представляет собой бета-структуру."
.
Я попытался найти в прошлых письмах, где я мог такое ляпнуть. Нашел одно письмо,
помните, где вместе с Л.Б.Меклером в экзамене стали участвовать Вы и моя дочка
Люба. Вы еще потом потребовали исключить ее из участников, а свои ответы
просили считать ответами Л.Б.Меклера (если они окажутся правильными).
.
Вы, вероятно подумали, что я подсказал Любе правильные ответы? Помните таблицу,
которую Вы мне прислали?
.
Меклер Червонобродов РСА
N1 ? А и В ?
N2 ? А ?
N3 B В ?
.
Через некоторое время я предложил третьего участника, Любу. В результате
таблица стала выглядеть так:
.
Меклер Червонобродов Люба РСА
N1 ? A A ?
N2 ? A C ?
N3 B B B ?
.
Вы, вероятно, подумали, что если Люба повторила за Л.Б.Меклером, что N3 - это B,
т.е. фиброин, значит это я ей подсказал правильный ответ?
.
Нет. Дело было совсем не так. Я честно попросил Любу ответить на вопросы.
.
Люба, скажи, какая из трех картинок на экране компьютера соответствует
бета-структурному белку фиброину? Она не задумываясь показала пальцем на
красную альфа-спираль белка альфа-амилазы. Она у меня вообще больше любит
красный цвет.
.
Сами понимаете, что я мог бы ей сказать, чтобы она еще раз хорошенько подумала,
ну, помните, как я сказал Вам, когда Вы сначала вместо одной буквы в первую
строку вставили (A и B), а потом в первую и вторую строку вставили одну и ту же
букву A, т.е. получилось AA?
.
Но я решил Любе не подсказывать. Ошиблась, так ошиблась. Почему Л.Б.Меклеру
можно ошибиться, а Любе нельзя?
.
Помните, я еще писал Вам, что если Люба угадает не хуже Л.Б.Меклера, то это
ничего страшного. Обидно будет, если Л.Б.Меклер научно предскажет хуже Любы.
.
Однако, Вы настояли, чтобы Любу я исключил из конкурса, но, вероятно решили,
что ее ответы правильные. Но, видите, как получилось, ошиблась Люба, а вместе с
ней ошибся и Л.Б.Меклер.
.
Проверьте пожалуйста таблицу. Вы присылали окончательный ответ:
Цитирую:
А.Кушелеву: Окончательный ответ. 26.01.02
.
Уважаемый Александр Юрьевич!
.
После исправления ошибки ответ Л.Б. Меклера:
N1 А
N2 С
N3 B
Пояснения следующие:
Конец цитаты.
.
N1 - это аминокислотная последовательность фиброина, а у Л.Б.Меклера
это - A - альфа-спираль без включений бета-структуры
.
N2 - это аминокислотная последовательность лизоцима. У Л.Б.Меклера - тоже.
Последняя версия вторичной структуры по Л.Б.Меклеру:
91-95
93-97
96-99
102-106
103-107
108-112
110-114
115-118
116-119
Вы пишите, что это был первый вариант, который был отвергнут. Прекрасно. Вместо
него был дан вариант C, правильно? Вот представитель китайской фирмы и задал
вопрос: "Химическая связь определена Л.Б. Меклером правильно, но вторичная,
а значит и третичная структура не соответствует данным РСА"
.
Он читал переписку и не нашел более свежих данных по вторичной структуре. По
двум другим участкам Вы прислали новые данные по вторичной структуре, а по
участку N2 не прислали. Если Вы пришлете новые данные по вторичной структуре
лизоцима с объяснением, почему первый вариант неправильный, то вопрос будет
снят.
.
N3 - это аминокислотная последовательность альфа-амилазы. У Л.Б.Меклера
это - B, т.е. фиброин.
.
Или Вы можете по-другому трактовать присланную Вами таблицу?
.
С уважением,
Ваш Александр Кушелев
nanoworld@bigfoot.com
.
.
.
20020129 10.00
Тема: Реакция биолога на переписку Червонобродов-Кушелев
.
Здравствуйте уважаемый Павел Леонович.
.
Я попросил знакомого биолога прокомментировать нашу переписку.
.
Он дочитал до третьего письма:
"П: Далее, я знаю от Л.Б.Меклера, что оценивать отдельные участки структуры
белковой молекулы надо только в контексте ее полного строения в "твердом"
трехмерном состоянии, то есь надо рассматривать те самые трехмерные модели,
которые находятся в упомянутом Банке структур моделей по РСА. Поэтому Ваше
предложение "Я предлагаю Л.Б. Меклеру построить три участка по 22
аминокислотных остатка, а потом мы посмотрим какой из участков - альфа-спираль,
какой - фиброин, а какой замыкается в цикл через дисульфидный мостик" также
встретит отрцателное отношение с его стороны."
.
После этого абзаца он сказал, что дальше ему читать неинтересно.
.
- А за какую сумму денег Вы смогли бы прочитать еще 200 килобайт?
.
200 килобайт - это 100 страниц. Если можно "по-диагонали", то за пол часа я
справлюсь. **$ Вас устроит?
.
Да, возьмите пожалуйста.
.
Биолог прочел нашу переписку до конца.
.
Что Вы можете сказать? - спросил я его.
.
"-Из всего, что я прочел я могу сделать вывод, что Л.Б.Меклер догадался, что
ковалентная связь может образоваться только между двумя цистеинами."
.
А больше ничего Вы не можете добавить?
.
-Вы обещали угостить меня чаем...
.
За чаем биолог не возвращался к этой теме.
Так, что, уважаемые, делайте выводы сами...
.
С уважением,
Ваш Александр Кушелев
nanoworld@bigfoot.com
.
.
.
20020130
П: Здравствуйте, Александр Юрьевич!
.
Вы сообщаете, цитирую:
.
(а) "Л.Б.Меклер утверждает, что участок лизоцима Cys96-Cys117 содержит 9
альфа-спиралей? По данным РСА на этом участке лизоцима нет ни одной
альфа-спирали".
.
(б) "N1 - это аминокислотная последовательность фиброина, а у Л.Б.Меклера это -
A - альфа-спираль без включений бета-структуры".
.
"Ответы Л.Б.Меклера на эти вопросы будут непременно опубликованы на нашем
сервере, поэтому просьба отнестись к ним с полной ответственностью."
.
Разделяю необходимость отнестись к выяснению "что есть что" с полной
ответственностью.
.
Поэтому по пункту (а) обращаю Ваше внимание на то, что Л.Б.Меклер не утверждает,
что участок лизоцима Cys96-Cys117 содержит 9 альфа-спиралей.
.
Как уже разъяснялось, после выбора по упомянутым ранее критериям второго
варианта структуры, во фрагменте №2 (лизоцим) мы видим А-А и П-К связи, но не
альфа-спирали.
.
И после того, как это было установлено и об этом Вам было сообщено, мне
удивительно видеть возврат к утверждению, что в лизоциме 9 альфа-спиралей.
.
K: Уважаемый Павел Леонович! Вы, вероятно невнимательно читаете мои письма.
Я не возвращался к утверждению, что в лизоциме 9 альфа-спиралей. Я же Вам
написал, что представитель китайской фирмы не нашел более свежей информации по
вторичной структуре лизоцима. Первый вариант структуры и он и я видим в Ваших
письмах. Что получилось после исправления ошибки - ни я, ни представитель
китайской фирмы найти не можем.
.
Попросите Л.Б.Меклера прислать исправленную вторичную структуру участка
лизоцима Cys96-Cys117. Если это непрерывная бета-спираль, то пусть он объяснит,
каким образом прямая спираль заворачивает, образуя грубо говоря циклическую
структуру. Вы, вероятно, заметили в моей пространственной модели лизоцима, что
цепь Cys96-Cys117 не является прямой как стрела. Пусть Л.Б.Меклер опишет ее на
уровне вторичной структуры. Он же говорил о том, что в Протеин-банке можно
встретить не только альфа-спираль, но еще цитирую: "спираль 3/10, пи-спираль,
бета-структура, бета и гамма-изгибы, а также омега-петли и иные не
структурированные области, так называемые, rendom coils". Конец цитаты.
.
Вот, пусть Л.Б.Меклер и напишет, какова вторичная структура участка N2
(Cys96-Cys117) в этих терминах. Пусть он продемонстрирует, как из вторичной
структуры в стандарте Протеин-банка с учетом Ноу-Хау Л.Б.Меклера следует
образование дисульфидного мостика. В противном случае у специалистов по
молекулярной биологии может сложиться превратное впечатление, что Cys-Cys
связь Л.Б.Меклер просто угадал.
.
П: Я попросил Л.Б. Меклера определить структуру трех пептидов как таковых. И он
это сделал, обратив мое внимание на тот факт, что речь идет только о
предсказании трехмерной структуры пептидов, подтвердить верность которых или
опрвергнуть можно единственым способом - синтезировать эти пептиды, растворить
их в соответствующем растворителе, и определить их спектр кругового дихроизма
при соответствующей температуре.
.
K: Уважаемый Павел Леонович!
Я Вас прошу сосредоточиться и передать Л.Б.Меклеру, что о пептидах в нашей
переписке говорит лишь он один. Я говорю только об участках натуральных белков,
которые целиком закристаллизованы или исследованы другими способами. Никто эти
белки не режет и пептиды из них не делает. Если это Л.Б.Меклер не усвоит, то ни
о каких заказах фармацевтических фирм не может идти речь, т.к. ошибки в
понимании постановки задачи чреваты тем, что вместо поставленной фирмой задачи
Л.Б.Меклер будет упражняться в самоэкзаменах, которые фирме вовсе и не нужны.
Попросите Л.Б.Меклера на время нашего экзамена забыть о существовании коротких
пептидов и больше не отвлекаться от темы, если его интересует результат
экзамена и серьезное к нему (Л.Б.) отношение.
.
П: Что касается трехмерной структуры биополипептидов, из которых Вы вырезали
упомянутые пептиды, то Л.Б. Меклер разъяснил, что бессмысленно устраивать
экзамен по биополипептидам, которые в любой момент можно увидеть в Протеин
банке. Следовательно, нельзя рассматривать наш обмен информацией как экзамен.
.
K: Еще раз повторяю, я ничего не вырезал. Я говорю об учатках, входящих в
состав натуральных белков. Прочитайте это Л.Б. столько раз, сколько необходимо
для усвоения постановки задачи. Мои знакомые биологи объяснили мне, что даже
фрагмент альфа-спирального белка сохраняет альфа-спираль, если его не нагревать
до температуры денатурации. Но не будем отвлекаться на это, т.к. в нашей задаче
речь идет лишь о целых натуральных белках.
.
Что касается утверждения меклера о бессмысленности экзамена по белкам,
хранящимся в Протеин банке, то я не придумывал этой постановки задачи. Если Вы
в этом сомневаетесь, то привожу цитату из Вашего первого письма:
"1.Вы входите в Банк структур моделей РСА. Сообщаете линейные аминокслотные
цепочки нескольких таких структур Л.Б.Меклеру
.
2.Л.Б. Меклер строит трехмерные структуры этих молекул и сообщает Вам
результат, чтобы Вы убедились в его возможности строить "твердую" структуру
модели белковой молекулы из исходной аминокислотной последовательности."
.
Конец цитаты.
Таким образом, мы с Вами видим, что экзамен был проведен в полном соответствии
с Вашими пожеланиями. Если Вы пожелали, а потом говорите, что это бессмысленно,
то какое отношение фирм-заказчиков к себе Вы ждете?
.
П: Что касается пептида №2, то как только Л.Б.Меклер сообщил мне, что этот
фрагмент представляет собой пептид, содержащий S-S связь, он сказал мне, что по
его мнению это скорее всего фрагмент лизоцима человека, исходя из того, что
представленная Вами аминокислотная последовательность целостного биополипептида
наводит на мысль о наличии в трехмерной структуре этого лизоцима по крайней
мере еще двух S-S связей, образующихся, в свою очередь, в результате
образования А-А связей между АО каждого из этих фрагментов, как это показано
ниже.
.
3 4 5 6 7 8 9 10 11 81 82 83 84 85 86
V F E R C E L A R S C S A L L
p o I o I
V G C G Q V Y L H C A N V A
131 129 127 125 80 79 78 77 76 75 74
Усл.обозначения: р - П-К связь. о - S-S связь. I - А-А связь
.
Из четырех S-S связей, содержащихся в молекулах любого лизоцима, в том числе и
в лизоциме человека три нами показаны (96-117, 7-129, 78-82) а четвертая
образована в результате установки в суперпозиции друг другу двух цистеинов
(31 и 66, см. присланную Вами полную последовательность АО), в результате
образования А-А связей между АО, примыкающими к этим цистеинам и АО иных
фрагментов трехмерной молекулы лизоцима человека. Определить эти связи можно
лишь построением трехмерной молекулы человека как таковой.
.
Сначала построением ее возбужденной формы, образующейся по ходу ее синтеза
рибосомой, а затем в результате А-А---П-К конформационного перехода,
превращающегося в основную форму, т.е. именно ту, строение которой
устанавливается в результате РСА или ЯМР анализа, и которую можно найти в
Протеин банке.
.
K: Если Л.Б.Меклер может найти в Протеин банке вторичную структуру участка
Cys96-Cys117, по которой однозначно следует образование дисульфидного мостика,
то я буду только приветствовать его умение работать с Протеин банком. Если же
там не окажется необходимой для демонстрации образования дисульфидного мостика
информации, то ничего страшного. Ведь Л.Б.Меклер декларировал, что он может
обойтись и без Протеин банка.
.
П: То, что я ранее услышал от Л.Б. Меклера, подтверждает его овладение
фолдингом.
.
K: А я люблю поговорку: Лучше один раз увидеть, чем сто раз услышать...
.
П: Он сообщил мне, что А-А модель лизоцима белка куриного яйца была построена
им и Р.Г.Идлис в числе первых пяти трехмерных молекул биополипептидов,
построением которых он и Р.Г.Идлис учились решать такие задачи, а именно
пстроение А-А моделей молекул еще четырех биополипептидов миоглобина кашалота,
проинсулина человека, рибунуклиазы А и репрессора cro фага лямда.
.
K: Роза Идлис писала мне, что ее сомнение в возможности Л.Б.Меклера строить
белки по аминокислотной последовательности постепенно возрастало, что в конце
концов привело к разрыву отношений с Л.Б.Меклером. Она написала, что ее не
удовлетворяет корелляция данных Л.Б.Меклера с данными РСА. Ей хотелось бы
убедиться в обратном, но пока не удается. Кстати, она не показывала Вам мои
лазерные диски "Энциклопедия Наномир"?
.
П: Результаты построения А - А моделей лизоцима белка куриного яйца и
репрессора cro фага лямда., структура которого к тому времени известна не была,
опубликованы в журнале "Биофизика",1981.
.
В журнале "Природа" 1993, №5, где приведены модели репрессора cro фага лямда,
документирован тот факт, что предсказание трехмерной молекулы репрессора cro
фага лямда было подтверждено полностью результатами РСА, опубликованными в
Nature через полгода после поступления статьи в журнал "Биофизика".
.
Вероятность случайности совпадения 10 в минус пятой степени. Одного этого факта,
по мнению Л.Б. Меклера, достаточно, чтобы не сомневаться в верности данной
теории и ОСГК. Это убедительно подтверждалось впоследствии на пяти независимых
конкурсах. Дважды в Москве (см. журнал "Природа"), один раз в США (письмо проф.
Бусьера), в Иерусалимском университете (письмо проф. Гольдблюма), в ин-те им.
Вейцмана (письменное подтверждение экзаменаторов) и в Тель-Авивском университете
(экзаменатор проф.Дж. Гершони).
.
В ходе этих экзаменов, открытых (совместно с экзаменаторами) и закрытых были
построены модели около 30 биополитпептидов длиной до 129 АО.
.
На этом фоне важно понять, почему предсказание структур фрагментов №1 и №3
оказалось не совпадающим с данными РСА, которые Вы привели.
.
Я задал этот вопрос Лазарю Борисовичу, переходя к пункту (б) .
.
Для подготовки ответа Лазарь Борисович позвонил знакомому биологу, а тот
заглянул в Протеин банк, и оказалось, что аминокислотная последовательность
фрагментта №1 (1-25) представляет собой часть биополипептида длиной 88 АО, из
которого взят этот фрагмент, но это не фиброин, как Вы утверждаете...
.
На самом деле это последовательность белка, дестабилизующего спираль ДНК,
синоним - белок, связыващий однонитчатую ДНК фага IKe - сокращенное название - GPV
.
Что касается фиброина, то обращаясь к соответствующему учебнику Вы увидите, что
молекулы фиброинов различных щелкопрядов состоят из двух цепей - А и В -
большой и малой соответственно. Большая цепь у ряда шелкопрядов превышает 1000
АО, малая - несколько сот.
.
K: - Совершенно верно! Передайте Вашему знакомому биологу, что он отлично
справился с задачей, о которой говорил Л.Б.Меклер. Он действительно нашел тот
самый белок (полное название гена: Bacteriophage IKe gene for DNA binding
protein). Я заменил на него фиброин по той простой причине, что когда Л.Б.Меклер
запросил полную аминокислотную последовательность, то я решил не перегружать
Л.Б. 1000 АО. Пришлось покопаться в библиотеке и найти белок без альфа-спиралей
по-короче. Сами понимаете, что называть его полным названием - слишком
громоздко, поэтому я продолжал фибриллярный белок именовать фиброином, хотя, по
большому счету это был уже не фиброин, извиняйте...
.
Но, тем не менее раз уж Л.Б. сумел докопаться до таких тонкостей, то пусть он
выдаст исправленные вторичные структуры для нашего "фиброина" и для альфа-амилазы,
которую, я надеюсь Ваш знакомый биолог также обнаружил в банке.
.
Что касается рассказов об удачных конкурсах Л.Б.Меклера, то тем более странно,
как это он мог ошибиться, перепутав альфа-спиральный белок с фибриллярным?
.
П: В заключение Л.Б. Меклер заявил, что далее не видит пользы от продолжения
обсуждения с нами его возможностей предсказывать структуры трехмерных
биополепептидов.
.
С уважением
Павел Червонобродов.
.
К: - Значит ли это, что Л.Б.Меклер отказывается выполнять работу над ошибками?
В таком случае результаты его экзаменационной работы будут выглядеть позорными
пятнами на флаге его рассказов о достойных победах в других конкурсах...
.
С уважением,
Ваш Александр Кушелев
nanoworld@bigfoot.com
.
P/S
Следует ли продолжение?
.
.
.
20020131 Тема: Решение Л.Б.Меклера
П: Здравствуйте, Александр Юрьевич!
.
Без консультаций Лазаря Борисовича продолжение разговора будет лишено той
содержательности, которую внимательный читатель найдет в нашей переписке.
.
Пройдет некоторое время и Роза Идлис убедится в факте овладения Л.Б.Меклером
тайной фолдинга. Мое убеждение в этом мало чего стоит как не биолога. Но это
убеждение разделяет авторитетный биолог, с которым постоянно поддерживает
контакт Лазарь Борисович и сообщает ему о ходе последних своих построений
трехмерных белковых молекул по исходным цепочкам АО, которые этот ученый ему
сообщает.
.
Лазарь Борисовч был готов построить полную структуру одной из молекул, которые
Вы прислали, но это намерение улетучилось под влиянием ряда Ваших ошибочных в
научном отношении утверждений, да и не корректной тональности в ведении
дискуссии.
.
Я сожалею о таком конце нашего контакта, на который я возлагал надежды в смысле
доведения до широкой читательской аудитории факта научного достижения, которому
я вместе с упомянутым ученым являюсь свидетелем, и хотел сделать свидетелями
многих других, наслышанных о проблеме фолдинга и о Л.Б.Меклере, заявившем о
решении этой актуальнейшей проблемы.
.
Что касается Ваших вопросов э этом письме, то ответы на на них уже даны в
нашей переписке.
Внимательнее перечитайте ее и ей богу Вы их увидите.
.
С пожеланиями успехов.
Павел Червонобродов.
.
K: Уважаемые Лазарь Борисович и Павел Леонович!
.
Я буду счастлив видеть Вас в числе своих оппонентов.
Благодарю за то, что Вы нашли время для нашей научной дискуссии.
С уважением,
Ваш Александр Кушелев
nanoworld@bigfoot.com
.
.
.
CD N1: http://ftp.decsy.ru/nanoworld/index.htm
NanoWorld 2002: http://ftp.decsy.ru/nanoworld2002/index.htm